农垦总局交通局是局处合一，下设办公室、政工科、法制科、财审科、计划科、驾驶员管理办公室、质量监督站、公路处、运管处、征费处、路政处。

     各部门工作职责：

     办公室：负责会议组织、文秘管理、信访、信息车辆管理、保密、机关保卫、综合协调、督办等工作。

     政工科：负责人事工资、文明建设等工作。

     法制科：负责法制建设、安全生产、治理公路“三乱”等工作。

     财审科：负责财务管理和审计工作。

     计划科：负责组织编制黑龙江垦区交通行业发展规划和计划，负责垦区交通战备工作，负责综合统计工作，负责 交通规费征缴计划下达。                                                                              

     驾驶员管理办公室：负责垦区驾驶员培训、发证、管理工作。

     质量监督站：负责垦区公路工程质量、造价监督管理工作。

     公路处：负责垦区公路建设、维护、管理工作。

     运管处：负责垦区道路运输市场建设、监督、管理工作，负责运政管理工作。负责运管费征缴工作。

     征费处：负责养路费征收、通行费征收工作。

     路政处：负责垦区公路路政管理工作、稽查工作。